Firefox4系以上のデータベースを最適化するバッチファイルを作ったので置いときます。
Linuxユーザはてめーで作れるだろうからWindowsBATファイルだけね。

前提として、sqlite3 コマンドが必要なので、SQLite Download Page から Precompiled Binaries For Windows をダウンロードしてパスの通ってる C\:WINDOWS 辺りにぶちこんでおいてください。

下のファイルを firefox_vacuume.bat とか適当に名前つけて保存してください。
[ユーザ名]のところは自分のユーザ名入力して保存してください。
[プロファイル名]のところは自分のFirefoxのプロファイル名を入力してください。
プロファイル名が分からない場合は、エクスプローラで実際に場所まで確認しにいくか、もじらの解説ページ見ると分かりやすいと思います。

@echo off
setlocal

set fx=C:\Documents and Settings\[ユーザ名]\Application Data\Mozilla\Firefox\Profiles\[プロファイル名]\

echo -----------------
echo VACUUM Firefox*.
echo -----------------

rem pause

echo Run VACUUM-
cd "%fx%"
sqlite3 addons.sqlite VACUUM
sqlite3 addons.sqlite REINDEX
sqlite3 cookies.sqlite VACUUM
sqlite3 cookies.sqlite REINDEX
sqlite3 extensions.sqlite VACUUM
sqlite3 extensions.sqlite REINDEX
sqlite3 places.sqlite VACUUM
sqlite3 places.sqlite REINDEX
sqlite3 signons.sqlite VACUUM
sqlite3 signons.sqlite REINDEX

endlocal
rem pause

保存したファイルをダブルクリックすると実行します。
Firefoxが起動しているとロックされて動きませんので、Firefox終了させてから実行してください。
3.6系使ってる場合も同じ内容でいけると思います。

PCが不安定な時とか負荷のかかっている時に実行すると、もしかしたらreindexでエラー起こってFirefox起動不可能とかあるかもしれないので、バックアップなんかは適当にとってからやったほうがいいかもしれません。
毎度の事ですが、使う場合は自己責任でお願いします。